Считается, что крепость была возведена на месте более древних укреплений византийцами в VI веке. Вскоре после сооружения священнослужителями, прибывшими на территорию нынешней Абхазии, на территории крепости был возведен небольшой храм. Предположительно ими же был обустроен колодец.
Место для строительства было выбрано чрезвычайно удачно: крепости находится на взвышении, с которого просматривается береговая линия и прибрежные пути; неподалеку находились известняковые каменоломни.
В VII-VIII столетии крепость помогла местному православному населению выстоять во времена персидских и арабских нашествий. В частности, в 737 году крепость стала главным местом обороны в Абазгии (так в ту пору называлась эта часть Абхазии). Согласно свидетельствам средневековых историков, штурм здесь вел сам Марван II ибн Мухаммад - халиф из великой династии Омейядов. Однако ни его отвага, ни многократно превосходящие силы арабского войска не позволили взять Анакопию, в которой тогда правил Леон I. Хотя обороняющихся было 3000 человек (2000 из числа войска князя Леона и 1000 человек из войска грузинского царя Арчила), они успешно отразили все атаки 40000 арабов, среди которых в 738 году разразился мор, унесший жизни почти более 80% воинов.
Красочное описание Анакопии той поры дал в одном из своих произведений писатель Роман Петрозашвили:
Леон придержал коня; теплая волна, как от чаши старого, крепкого вина, разлилась у него в груди — там, за голубой дымкой дали, он увидел Анакопию — сердце Абазгии, принадлежащее ему по наследственному праву первородства. В отличие от многих крепостей, подчеркивающих строгостью форм свою неприступность, Анакопия была солнечно ясна. Город-крепость уютно расположился у подножья и на склонах пирамидальной горы, вершину которой, как корона, венчает цитадель с мощными стенами, башнями и храмом Божьей матери...
Византия, изрядно ослабевшая от войн с арабами, утратила влияние на восточный берег Черного моря. Князь Леон II, будучи в Анакопии, объявил о независимости своих владений.
В 788-789 годах арабы вновь безуспешно осаждали крепость.
В X-XI веках крепость служила феодальной вотчиной абхазских правителей. Иконы в местном храме считались чудодейственными, и люди постоянно приходили в Анакопию для молитв об исцелении.
В результате междоусобиц между абхазскими князьями и аристократами византийцы вновь получили контроль над крепостью в районе 1035 года, однако в 1073 году греческий военный корпус был изгнан с территории современной Абхазии.
В средние века крепость, достигшая размеров 450 на 150 метров, несколько раз незначительно перестраивалась. Приложили руку к созданию ее облика и генуэзцы, которые (наряду с венецианцами) еще с 1150-ых годов вели активную торговлю с Кавказом. В середине XIV века купцы из Генуи вошли в такую силу, что сумели не только избавить от конкурентов из Венеции, но организовали на абхазском берегу несколько собственных колоний, а также взяли под контроль ряд прибрежных городов, включая Анакопию. Историк О. Бгажба сообщает:
Именно тогда началось строительство большого количества крепостных и гражданских сооружений, арочных мостов (типа Беслетского), церквей и т.д. Итальянская архитектура ярко выражена, например, в генуэзской башне XIV в. внутри Анакопийской крепости и ниже, в прибрежье. Похожая башня имеется и в Тамыше. Обычно подобные большие башни находятся в центре небольшого пространства, огороженного крепостными стенами. В крепостной архитектуре их называют донжонами с выступающими полукружиями по углам и соответствующими бойницами-оформлениями.
Впрочем, есть и альтернативные мнения, согласно которым башня была возведена еще в XI столетии.
В середине XV века Византия пала, ослабла и Генуя, и берег Черного моря постепенно начал переходить под контроль Османской империи. Достоверно известно, что османский военный отряд располагался в Анакопийской крепости по меньшей мере два столетия, однако никаких турецких построек не сохранилось. В начале XIX века крепость еще сохраняла свое военное значение: вся эта территория вошла в состав Российской империи, ведшей войны то с непокорными горцами, то с турками; до 1864 года абхазские правители сохраняли свою автономию.
Уже в 1880-ые годы местные монахи, разобрав часть древних укреплений, проложили к крепости новую каменную дорогу.
В наши дни Анакопийская крепость - одна из самых популярных исторических достопримечательностей Абхазии. На территории древнего храма обустроена небольшая часовня.
